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阿特拉斯院中的〈炼金术〉与现代的〈炼金术〉有着本质的差别。
它的起源乃是古埃及中的魔术先祖，女神伊西斯的延续。
一般的〈炼金术〉乃是物质变换的术式，研究物质之间的自由变换便是炼金术师，时钟塔的炼金术师藉着与西洋魔术的融合，已经是能够制造出与人类无异的人造人，甚至能够为人造人配备优秀的魔术回路，肆意调整他们的性能乃至寿命，迦勒底亦有利用过这方面的技术，诸如玛修这样的亚从者的诞生与这方面的知识同样是有关系的。
而阿特拉斯院的〈炼金术〉却与此不同，更加的接近原义，不是把「物质的变换」视作目的，而是把「事象的变换」视作最高行为，炼金术师中常被提及的将一般的金属变换成黄金的做法，对阿特拉斯院的炼金术师来说，仅仅是「物质的变换」罢了，乃是远离理想的幼稚拙劣的技术。
所以，阿特拉斯院的〈炼金术〉把作为其源流的古代埃及冶金术进行了高度发展，几乎完全没受到西洋魔术的影响。
阿特拉斯院的理念便是，将自身的肉体当作是为了正确、强力且快速的发挥才智的容器来对待。
“人类是拥有了运动机能（五感）的稀有计算装置，进化到能够收集和解析情报，并且作为劳动力直接应对由此衍生出的无数问题的智慧生命体，那就是我等人类。”
这是阿特拉斯院的炼金术师共同的信条。
也就是说，他们认为，人不是由脑在控制身体，而是为了让脑更好的发挥机能而拥有肉体，若只是产生出单纯的演算能力的怪物，那就没有作为炼金术师的必要，只要成为技术人员就可以了，真正的炼金术师眼中的人类应该是肉体、精神、灵魂三位一体，在计算、实践、成长上均表现出优秀性能的个体。
拜此所赐，阿特拉斯院的炼金术师的基础便是————〈高速思考〉和〈分割思考〉。
〈高速思考〉：顾名思义，就是能够加速思考，让思考进行超高速运算的能力。
〈分割思考〉：能够自由自在的把思考进行并列处理，进行转瞬间的计算的能力。
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